1. Grunnforskning på nukleinsyrer: genomisk kloning
2. Asymmetrisk PCR for å forberede enkelttrådet DNA for DNA-sekvensering
3. Bestemmelse av ukjente DNA-regioner ved invers PCR
4. Revers transkripsjons-PCR (RT-PCR) brukes til å påvise nivået av genuttrykk i celler, mengden RNA-virus og direkte kloning av cDNA av spesifikke gener
5. Fluorescens kvantitativ PCR brukes til sanntidsovervåking av PCR-produkter
6. Rask amplifikasjon av cDNA-ender
7. Påvisning av genuttrykk
8. Medisinske anvendelser: påvisning av bakterielle og virussykdommer; diagnose av genetiske sykdommer; diagnose av svulster; brukt på rettsmedisinske bevis