1. Fundamenteel onderzoek naar nucleïnezuren: genomisch klonen
2. Asymmetrische PCR om enkelstrengs DNA voor te bereiden voor DNA-sequencing
3. Bepaling van onbekende DNA-gebieden door inverse PCR
4. Reverse transcriptie-PCR (RT-PCR) wordt gebruikt om het niveau van genexpressie in cellen, de hoeveelheid RNA-virus en de directe klonering van cDNA van specifieke genen te detecteren
5. Kwantitatieve fluorescentie-PCR wordt gebruikt voor realtime monitoring van PCR-producten
6. Snelle amplificatie van cDNA-uiteinden
7. Detectie van genexpressie
8. Medische toepassingen: detectie van bacteriële en virale ziekten; diagnose van genetische ziekten; diagnose van tumoren; toegepast op forensisch bewijsmateriaal